Rfam: Databáze obsahující informace o RNA
Úvod
Rfam je databáze, která poskytuje informace o rodinách nekódujících RNA (ncRNA) a dalších strukturovaných RNA elementech. Jedná se o komentovanou databázi s otevřeným přístupem, která byla původně vyvinuta ve Wellcome Trust Sanger Institute ve spolupráci s Janelia Farm a v současnosti je hostována v European Bioinformatics Institute. Rfam je navržen tak, aby byl podobný databázi Pfam pro anotaci proteinových rodin.
Charakteristika nekódujících RNA (ncRNA)
Na rozdíl od proteinů mají ncRNA často podobnou sekundární strukturu, aniž by sdílely mnoho podobností v primární sekvenci. Rfam rozděluje ncRNA do rodin na základě evoluce od společného předka. Vytvoření vícenásobných sekvenčních zarovnání (MSA) těchto rodin může poskytnout vhled do jejich struktury a funkce, podobně jako v případě proteinových rodin. Tyto MSA se stávají užitečnějšími s přidáním informací o sekundární struktuře.
Funkce Rfam
Poskytuje zarovnání, konsensuální sekundární struktury a kovarianční modely pro rodiny RNA.
Zahrnuje data o rodinách RNA, organismech a kontaktech.
Slouží jako primární citace (PMID 33211869).
Přístup k datům
Data Rfam jsou k dispozici v různých formátech, včetně:
Stockholmský formát
FTP
Licencování
Rfam je veřejně přístupný zdroj.
Bookmarkovatelné entity
Rfam umožňuje uživatelům vytvářet záložky pro konkrétní entity, což usnadňuje rychlý přístup k informacím v budoucnu.
Spolupráce s Wikipedia
Výzkumníci Rfam také přispívají do projektu RNA WikiProject na Wikipedii.
Závěr
Rfam je cenným zdrojem informací pro vědce, kteří studují nekódující RNA a další strukturované RNA elementy. Poskytuje rozsáhlé informace o těchto molekulách, včetně jejich zarovnání, sekundárních struktur a evolučních vztahů.