Návrh nukleových kyselin Návrh nukleových kyselin je proces vytváření sady sekvencí bází nukleových kyselin, které se spojí do požadované konformace. Návrh nukleových kyselin je ústřední pro oblasti DNA nanotechnologií a DNA výpočetní techniky. [2] Je nezbytný, protože existuje mnoho možných sekvencí nukleotidových řetězců, které se složí do dané sekundární struktury, ale mnoho z těchto sekvencí bude mít nežádoucí další interakce, kterým je třeba se vyhnout. Kromě toho existuje mnoho úvah o terciární struktuře, které ovlivňují volbu sekundární struktury pro daný návrh. [3] [4] Návrh nukleových kyselin má podobné cíle jako návrh proteinů: v obou případech je sekvence monomerů racionálně navržena tak, aby upřednostňovala požadovanou složenou nebo asociovanou strukturu a znevýhodňovala alternativní struktury. Návrh nukleových kyselin má však výhodu v tom, že je mnohem výpočetně jednodušší problém, protože jednoduchost pravidel párování bází Watson-Crick vede k jednoduchým heuristickým metodám, které přinášejí experimentálně robustní návrhy. Výpočetní modely pro skládání proteinů vyžadují informace o terciární struktuře, zatímco návrh nukleových kyselin může fungovat z velké části na úrovni sekundární struktury. Struktury nukleových kyselin jsou však méně univerzální než proteiny ve své funkčnosti. [2] [5] Návrh nukleových kyselin lze považovat za inverzi predikce struktury nukleových kyselin. Při predikci struktury je struktura určena ze známé sekvence, zatímco při návrhu nukleových kyselin je generována sekvence, která vytvoří požadovanou strukturu. [2]
Facebook Twitter